中国工程科技创新战略研究院（CAEIS，以下简称创新战略院）成立于2016年8月25日，由中国工程院和中国工程物理研究院共同设立、共同领导，依托于中国工程物理研究院运行。创新战略院实行 “理事会决策、学术委员会指导、院务会负责”的组织管理架构。
      创新战略院的使命是落实国家创新驱动发展战略和科技强国发展战略，主要围绕工程科技颠覆性技术及创新领域发展开展战略性、前瞻性、综合性、持续性的咨询研究，推动国家工程科技颠覆性技术战略研究及创新领域战略研究的整体进步和全面发展，逐步建成工程科技创新战略研究的国家高端特色科技智库。
      在工程院与中物院的共同领导下，创新战略院主要开展以下五方面工作：一是承担工程科技颠覆性技术及创新领域战略咨询研究项目，研究国家工程科技创新领域的总体战略、发展路线，为国家及政府有关部门战略决策提供咨询服务；二是服务国家重大战略需求，为国家工程科技创新领域的重大工程、重大项目等开展战略咨询研究，提供咨询服务；三是持续跟踪和分析国际工程科技颠覆性技术及创新发展最新、最前沿发展趋势，预测发展方向、提出发展重点，为国家及有关部门的战略选择和决策提供咨询服务；四是研究工程科技颠覆性技术及创新发展的客观规律、演进机理及典型案例，持续性和系统性收集整理相关研究数据，建设工程科技颠覆性技术和创新技术知识信息库；五是开展战略与咨询的理论体系研究，开展多层次、国内外交流合作，强化战略意识和全球视野，培养工程科技创新领域高层次战略研究人员。
      创新战略院致力于打造以院士为核心、专家为骨干、汇集多方智慧的多样性和开放性的研究团队，已初步建成了由“稳定的专业队伍、动态的任务团队以及网络的专家支持”的结构化研究团队。成立三年多来，创新战略院共承接中国工程院、国家各部委、中国工程物理研究院各类战略研究项目50余项，包含颠覆性技术、创新领域发展以及核科学技术发展等多个主题，形成并上报了多项研究成果，部分成果被国家和决策部门采纳，为中国工程院高端智库建设提供了良好的支撑。
      未来，创新战略院将围绕工程科技颠覆性技术及创新领域发展继续开展战略研究，持续加强成果产出，为国家创新驱动发展战略、科技强国发展战略以及工程院高端智库建设贡献更大力量。